Frühen Herrschaftsverhält-nissen entsprechend war die Einwohnerschaft bis in die erste Hälfte des 19. Jahr-hunderts ausschließlich katholisch. 1875 zählte man vierzehn Prostestanten. Nach dem 2. Weltkrieg erhöhte sich der Anteil. Im Jahre 1980 waren 57 % der Einwohner katholisch und 31 % evangelisch.

Zum 30. Juni 2010 (4.861 Einwohner) waren in der Gemeinde Merzhausen 

43,9 % katholisch 
24,8 % evangelisch
30,9 % konfessionslos
0,37 % Sonstige